Cơ cấu tổ chức của trường Cao đẳng Dược Hà Nội gồm các bộ phận chính như sau:

Hội đồng giáo dục

Hội đồng Giáo dục là cơ quan tư vấn chiến lược, định hướng phát triển và giám sát hoạt động đào tạo của Trường Cao đẳng Dược Hà Nội. Hội đồng gồm các thành viên là những nhà quản lý giàu kinh nghiệm:

• TSKH. Nghiêm Vũ Khải – Chủ tịch

• ThS. Nguyễn Thế Lực – Phó Chủ tịch

• TS. Nguyễn Văn Sinh – Phó Chủ tịch

• ThS. Đường Xuân Tùng – Ủy viên

• Bà Nguyễn Thị Hạnh – Ủy viên

Chi bộ đảng

Chi bộ Đảng Trường Cao đẳng Dược Hà Nội là hạt nhân chính trị có trách nhiệm định hướng tư tưởng, tổ chức và giám sát việc thực hiện các chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước trong công tác đào tạo và quản lý giáo dục.

Ban Giám hiệu

Ban Giám hiệu là cơ quan điều hành trực tiếp, chịu trách nhiệm quản lý và triển khai các hoạt động giáo dục, đào tạo, nghiên cứu khoa học của nhà trường. Thành phần Ban Giám hiệu gồm:

• ThS. Đường Xuân Tùng – Hiệu trưởng

• ThS. Nguyễn Thế Lực – Phó Hiệu trưởng

• ThS. Nguyễn Thành Kính – Phó Hiệu trưởng phụ trách hợp tác quốc tế

Các đơn vị chuyên môn và tổ chức trực thuộc

Trường Cao đẳng Dược Hà Nội có cơ cấu tổ chức chặt chẽ, với hệ thống phòng ban, khoa, trung tâm và các tổ chức - đoàn thể, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động giảng dạy, nghiên cứu và hỗ trợ sinh viên.

1. Phòng Đào tạo

2. Phòng Hành chính - Tài chính 

3. Phòng Công tác Học sinh - Sinh viên 

4. Khoa Cơ bản

5. Khoa Dược 

6. Khoa Y 

7. Khoa Chăm sóc sắc đẹp.

8. Khoa Ngôn ngữ.

9. Trung tâm Truyền thông Tuyển sinh & Đối ngoại.

10. Trung tâm Hợp tác Quốc tế.

11. Trung tâm Đào tạo Thường xuyên.

12. Viện Ngôn ngữ & Văn hóa Hàn Quốc.

13. Trung tâm Nghiên cứu Khoa học.

Các tổ chức đoàn thể, chính trị xã hội

1. Công đoàn Trường.

2. Đoàn TNCS Hồ Chí Minh.

3. Hội Sinh viên.

Với cơ cấu tổ chức chuyên nghiệp, Trường Cao đẳng Dược Hà Nội không ngừng đổi mới và phát triển để nâng cao chất lượng đào tạo, đáp ứng nhu cầu nhân lực ngành y dược và các lĩnh vực khác. Sự phối hợp chặt chẽ giữa các đơn vị chức năng, khoa chuyên môn và tổ chức đoàn thể giúp sinh viên có môi trường học tập toàn diện, hướng tới sự phát triển bền vững trong tương lai.